Das wichtigste Konzept, das Sie verstehen sollten, ist das des Debian-Paketsystems. Im Wesentlichen sollten große Teile des Systems unter der Kontrolle des Paketsystems stehen, inklusive:

Wenn Sie zum Beispiel die Datei /usr/bin/perl durch eine andere Version ersetzen, wird dies funktionieren, aber wenn das perl-Paket irgendwann einmal aktualisiert wird, wird Ihre Version überschrieben. Experten können dies aber vermeiden, indem Sie z.B. das Paket in aptitude auf „hold“ setzen.

APT ist eine der besten Installationsmethoden. Sie können die Kommandozeilenversion apt benutzen, die Vollbild-Textversion aptitude oder auch grafische Programme wie synaptic (was letztlich alles nur andere Bedienoberflächen für apt sind). Beachten Sie, dass apt es Ihnen ermöglicht, main, contrib, non-free und non-free-firmware zu mischen, so dass Sie sowohl eingeschränkte Pakete (die streng gesehen nicht Teil von Debian sind) als auch Standardpakete gleichzeitig nutzen können.

Es gibt offizielle und inoffizielle Software-Depots, die in einer standardmäßigen Debian-Installation nicht aktiviert werden. Diese enthalten Software, die viele Leute für wichtig halten und erwarten, dass sie ihnen zur Verfügung steht. Informationen über diese zusätzlichen Depots finden Sie auf der Debian-Wiki-Seite mit dem Titel The Software Available for Debian's Stable Release.

Alternative Versionen von Programmen werden von update-alternatives verwaltet. Wenn Sie mehrere verschiedene Versionen ein und derselben Anwendung installiert haben, lesen Sie die Handbuchseite von update-alternatives.

Alle Cron-Jobs aus dem Bereich des Systemadministrators sollten unter /etc liegen, da dies Konfigurationsdateien sind. Wenn Sie einen root-Cron-Job haben, der täglich, wöchentlich oder monatlich laufen soll, legen Sie Ihn unter /etc/cron.{daily,weekly,monthly} ab. Diese werden von /etc/crontab gestartet und in alphabetischer Reihenfolge abgearbeitet, also alle nacheinander.

Wenn Sie andererseits einen Cron-Job benötigen, der (a) unter einem bestimmten Benutzernamen laufen muss oder (b) zu einer bestimmten Zeit oder in einem bestimmten Takt, können Sie entweder /etc/crontab verwenden oder besser /etc/cron.d/whatever. Diese besonderen Dateien haben ein zusätzliches Eingabefeld, das es erlaubt, den Benutzerzugang festzulegen, unter dem der Job ausgeführt wird.

Sie müssen nur die Dateien editieren und cron wird sie automatisch erkennen. Es muss kein besonderer Befehl o.ä. ausgeführt werden. Mehr Informationen finden Sie in cron(8), crontab(5) und /usr/share/doc/cron/README.Debian.