FTP、Telnet、NIS、RPC のような、ネット上でパスワードを平文で送ったり 受けとったりするネットワークサービスをすべて避けるべきです。この HOWTO の 著者は telnet や ftp のかわりに ssh を使うことを全員にすすめます。
telnet から ssh に移行しても、他の平文プロトコルを使うのではセキュリティは 「すこしも」向上しないことに気をつけてください。最善なのは ftp、telnet、 pop、imap、http を取りのぞいて対応する暗号化サービスで置きかえることでしょう。 これらのサービスから ftp-ssl、telnet-ssl、pop-ssl、https などのような SSL バージョンに移行することを検討するべきです。
上にあげたヒントの多くはすべての Unix システムにあてはまります (Linux や その他の Unixes についての強化関連の文書をほかに読んでいればそれに気が つくでしょう)。