Et Debian-system er organisert i tråd med Filesystem Hierarchy Standard (FHS). Denne standarden definerer formålet med hver mappe. For eksempel er toppnivå-mapper beskrevet som følger:
/bin/: basisprogrammet;
/boot/: Linux-kjernen og andre filer som kreves til den tidlige oppstartsprosessen;
/dev/: filer for enheter;
/etc/: Oppsettsfiler;
/home/: brukerens personlige filer;
/lib/: basisbiblioteker;
/media/*: monteringspunkter for flyttbare enheter (CD-ROM, USB-nøkler, og så videre);
/mnt/: midlertidige monteringspunkter;
/opt/: ekstra programmer levert av tredjeparter;
/root/: administrators (rots) personlige filer;
/run/: omskiftelige kjøretidsdata som ikke overlever omstart;
/sbin/: systemprogrammer;
/srv/: data brukt av tjenere på dette systemet;
/tmp/: midlertidige filer; denne katalogen tømmes ofte ved oppstart;
/usr/: programmer; denne katalogen er videre inndelt i bin, sbin, lib (ifølge samme logikk som i rotkatalogen). Videre inneholder /usr/share/ arkitekturuavhengige data. /usr/local/ er ment til å brukes av administrator for å installere programmer manuelt uten å overskrive filer som håndteres av pakkesystemet (dpkg).
/var/: variable data som håndteres av bakgrunnsprosesser. Dette inkluderer loggfiler, køer, utskriftskøer, hurtiglagre og så videre.
Merk at mange moderne distribusjoner, inkludert Debian, lar /bin, /sbin og /lib være symbolske lenker til de tilsvarende katalogene under /usr slik at alle programmer og biblioteker er tilgjengelig i et enhetlig tre. Det gjør det enklere å beskytte integriteten til systemfilene, og å dele disse systemfilene mellom ulike kontainere, etc.
B.2.2. Brukerens hjemmemappe
Innholdet i en brukers hjemmemappe er ikke standardisert, men det er fortsatt noen få nevneverdige konvensjoner. Den ene er at en brukers hjemmemappe ofte er referert til av en krøllstrek («~»). Det er nyttig å vite fordi kommandokonsollet automatisk erstatter en krøllstrek med riktig katalog (vanligvis /home/bruker/).
Tradisjonelt er applikasjonens oppsettsfiler ofte lagret direkte i brukerens hjemmemappe, men filnavnene deres starter vanligvis med et punktum (for eksempel lagrer e-postklient mutt oppsettet i ~/.muttrc). Merk at filnavn som starter med en prikk er skjult som standard; og ls bare lister dem når -a-valget blir brukt, og grafiske fil-håndterere må få beskjed om å vise skjulte filer.
Noen programmer bruker også flere oppsettsfiler organisert i en mappe (for eksempel, ~/.ssh/). Noen programmer bruker også sin mappe for å lagre et mellomlager med nedlastede data. Dette betyr at disse mappene kan ende med å bruke mye diskplass.
Disse oppsettsfilene som er lagret direkte i brukerens hjemmekatalog, som ofte kollektivt er referert til som dotfiler, har lenge økt i omfang til et punkt der disse mappene kan bli ganske rotete. Heldigvis resulterte en innsats gjennomført i fellesskap under FreeDesktop.org-paraplyen, i «XDG Base Directory Specification», en konvensjon (avtale) som tar sikte på å rydde opp i disse filene og mappene. Denne spesifikasjonen sier at oppsettsfiler bør lagres under ~/.config/, hurtiglagerfiler under ~ /.cache/, og applikasjonsdatafiler under ~/.local/ (eller undermapper under denne). Denne konvensjonen er langsomt i ferd med å slå igjennom, og flere programmer (spesielt de grafiske) har begynt å følge den.
Grafiske skrivebord viser vanligvis innholdet i ~/Desktop/-katalogen på skrivebordet (eller hva den riktige oversettelsen er for systemer som ikke er satt opp på engelsk, det vil si det som er synlig på skjermen når alle programmer er lukket eller vises som ikoner).
Til slutt, e-postsystemet lagrer noen ganger innkommende e-poster til en ~/Mail/-mappe.
